El apt-build es un script de menos de 1000 líneas en Perl que encadena varias operaciones para lograr el efecto conjunto de una única utilidad. Para usar las fuentes, únicamente hace un apt-get source ... usando la información de las líneas deb-src del /etc/apt/sources.list. Normalmente se usan líneas como las siguientes:

deb-src http://ftp.es.debian.org/debian/ etch main non-free contrib
deb-src http://security.debian.org/ etch/updates main

Pero por supuesto que se pueden usar líneas como deb-src cdrom: .... Lo único que hay que hacer es introducir los DVDs adecuados y añadirlos al sources.list usando el comando apt-cdrom.

Respecto a la optimización, recompilar una Debian 386 a AMD64 es una tarea titánica que además no creo que se pudiera hacer, ya que cambian muchas librerías clave. Es mucho mejor directamente usar la Debian AMD64 que ya viene optimizada al máximo para estos procesadores.

Es posible utilizar apt-build con los dvd source de debian, se supone que tus repositorios debieran ser los dvd.
Al descargar los 3 dvd source, tendrias la posibilidad de instalar debian en cualquier arquitectura.
Actualmente tengo un semprom 2600 64 bits, se notaria la diferencia en instalar todo con apt-build o debiera bajarme directamente los dvd para amd64.

Saludos y muchas gracias.